Per dare effettività all'obiettivo trasversale al PNRR della riduzione dei divari territoriali e della coesione territoriale, il Governo Draghi ha deciso di destinare al Mezzogiorno il 40% dei fondi europei del Recovery Plan allocabili territorialmente. Il tentativo di rispettare questo vincolo, e allo stesso tempo di tenere conto dell'effettivo tiraggio di alcune misure e della qualità dei progetti da finanziare, ha dato luogo a soluzioni diversificate in relazione ai vari bandi, dalla graduatoria unica nazionale con riserva del 40% per il Sud ai plafond separati per aree geografiche, dalle pre-allocazione delle risorse alle singole Regioni fino alla riapertura degli sportelli per raccogliere ulteriori domande dal Mezzogiorno.